目前，無論是慢性B型肝炎還是肝硬化代償期，或肝硬化失代償期，都主張長期治療。
指南規定：e抗原陽性的慢B肝病人在發生e抗原血清學轉換後，ALT復常、DNA檢測不到後，還需至少一年鞏固療程;
而e抗原陰性的慢B肝，在ALT復常、DNA檢測不到後鞏固治療至少一年半。
長期治療，不可逃避的問題——耐藥
指南的規定之中有「至少」兩個字，這其中的潛臺詞就是兩年或兩年半實際也不夠，延長治療可以降低復發。但具體延長到什麼時候，卻並沒有太多的資料。
總體來講，慢B肝的治療，無論是e抗原陽性還是陰性，延長療程能夠降低復發機率，這是大家的共識，但具體要多久沒有詳細的建議。
但長期治療就面臨耐藥的問題，而耐藥卻是個大問題。而解決耐藥的問題，大體從以下幾個環節入手。
四個環節，減少耐藥的發生
適應症的選擇
要選擇處於免疫活化期的慢B肝病人，而非攜帶者。因為免疫耐受的人發生耐藥的機率很高，而處於免疫活化期的患者本身機體免疫在和病毒鬥爭，再加上藥物就可以雙管齊下，這樣發生耐藥的風險也會降低。
藥物的選擇
即首先選擇強效低耐藥的藥物，可以降低長期治療耐藥的發生。
適當應用聯合治療
初始聯合治療一直存在爭議，指南也沒有明確推薦。但是，對於肝硬化且高病毒載量的病人，可以建議初始聯合治療，主要是拉米夫定和阿德福韋的初始聯合治療。
但這兩個藥聯合是否就比單用恩替卡韋效果好？目前沒有太多的資料。此外，國產拉米夫定和阿德福韋聯用的價錢還是比單用恩替卡韋便宜。所以，從經濟等方面考慮，聯合治療也是一個降低耐藥發生機率的方法。
耐藥監測、隨訪
使用核苷類似物以後，如果沒有選擇強效低耐藥的藥物，就一定要隨訪監測。一般以半年作為評價點，如果效果好，就繼續使用;如果不好，就要趕緊進行調整。這是降低耐藥發生的一個重要的手段。
因此，控制、降低耐藥是初始選擇的時候就要考慮選擇方案，監測過程中及時發現耐藥並挽救治療，從而減少耐藥的發生、降低肝炎的活動風險。
