藍玉自此開始居功自傲，公然違抗朱元璋制定的民族政策，強行霸佔元朝的妃嬪，侵佔東昌民1388年，藍玉率領十餘萬大軍深入沙漠不毛之地、僅靠極其準確的田，趕走將朝廷御史，南征北返，守門官員接待不及時，藍玉竟然縱容屬下破關而入。
藍玉是常遇春的小舅子，朱標是常遇春的女婿，所以藍玉是朱標的舅岳父，因此兩人的關係也非常要好，朱元璋認為，雖然藍玉有些驕橫跋扈，但朱標政治經驗豐富，完全能將這個悍將為已所用，所以朱元璋將藍玉等人視為留給朱標的政治資本，他們能共同使大明朝萬世輝煌，所以這些事情發生後，朱元璋都選擇了隱忍。
但1392年發生了一件大事改變了這一切。
1392年，朱元璋已是64歲高齡，朱元璋一直作為接班人培養近30年的太子朱標暴斃，此時朱元璋二子秦王朱樉、三子晉王朱棡、四子燕王朱棣，統帥明軍主力分別駐防西安、太原、北京。朱元璋十分厭惡二子朱樉，從內心就不可能讓朱樉繼承皇位，而跳過朱樉選朱棡和朱棣又違反了嫡長子繼承製與嫡長支繼承製，所以皇位繼承者唯有在朱標子孫一系中選擇。
朱標嫡長子朱雄英（生母為遇春之女，朱標正妃常氏）早逝，健在的有朱允炆（次妃呂氏）和朱允熥（生母常氏）。按理應由朱允炆繼承皇位，朱元璋唯恐自己百年之後，原本為朱標嫡系勢力培植的藍、常一系功臣就有可能廢朱允炆而擁立朱允熥，而朱允熥當時尚且年幼，必將出主少國疑，大將擁立的格局，自己辛苦打下的江山可能就會更名換姓。
朱元璋曾收過二十幾個義子，裡面不乏沐英、李文忠、何文輝等名將，這些義子對朱元璋一呼百應，為大明立國居功至偉。而三十幾歲的藍玉大肆收了一千義子，而且都擔任軍隊的高位。有一次，藍玉回京叩見朱元璋，隨身帶有幾個義子，朱元璋的命令他們不聽，而藍玉一個眼神他們就立馬行動，這讓朱元璋能沒有想法？我活著時他藍玉都敢豢養莊奴，橫行封邑，侮辱元妃，關門火併，哪天不高興，保不準哪天儲君朱允炆一句話傷了他，他振臂一呼，朱家王朝豈不是要被他的義子們給淹沒？
朱元璋作為久經沙場、殺伐果斷的權力野獸，怎麼可能允許出現這種情況。因此1393年朱元璋大開殺戒，將藍玉剝皮實草，受到牽連的人達到了一萬五千人之多。
藍玉之死與他所作所為並無必然聯絡，否則為什麼朱標不死時，系列事件都已發生，卻天下太平，所以決定你生死的不是你幹了什麼，而是你是否還有利用的價值！如同宰相胡惟庸，能力強悍，在朝廷內部黨羽眾多！阻礙了太子朱標登基的道路，所以朱元璋痛下殺手。
