施肥的最大目標就是透過施肥改善土壤理化性狀，協調作物生長環境條件。充分發揮肥料的增產作用，不僅要協調和滿足當季作物增產對養分的要求，還應保持土壤肥力不降低，維持農業可持續發展。土壤植物和肥料三者之間，既是互相關聯，又是相互影響、相互制約的。科學施肥要充分考慮三者之間相互關係，針對土壤、作物合理施肥。
一、科學施用有機肥，要看土
1、根據土壤肥力施肥
土壤肥力是供給作物不同數量、不同比例養分，適應作物生長的能力。它包括土壤有效養分供應量、土壤通氣狀況、土壤保水保肥能力、土壤微生物數量等。
土壤肥力狀況高低直接決定著作物產量的高低，根據土壤肥力和目標產量的高低確定施肥量。對於高肥力地塊，土壤供肥能力強，適當減少底肥所佔全生育期肥料用量比例；對於低肥力土壤，土壤供應養分少，應增加底肥用量，後期合理追肥。尤其要增加低肥力地塊底肥中有機肥料的用量，有機肥料不僅要提供當季作物生長所需的養分，還可培肥土壤。
2、根據土壤質地施肥
根據不同質地土壤中有機肥料養分釋放轉化效能和土壤保肥效能不同，應採用不同的施肥方案。
沙土土壤肥力較低，有機質和各種養分的含量均較低，土壤保肥保水能力差，養分易流失。但沙土有良好的通透效能，有機質分解快，養分供應快。沙土應增施有機肥料，提高土壤有機質含量，改善土壤的理化性狀，增強保肥、保水效能。但對於養分含量高的優質有機肥料，一次使用量不能太多，使用過量也容易燒苗，轉化的速效養分也容易流失。養分含量高的優質有機肥料可分底肥和追肥多次使用，也可深施大量堆腐秸稈和養分含量低、養分釋放慢的粗雜有機肥料。
黏土保肥、保水效能好、養分不易流失。但土壤供肥慢，土壤緊實，通透性差，有機成分在土壤中分解慢。黏土地施用的有機肥料必須充分腐熟；黏土養分供應慢，有機肥料應可早施，可接近作物根部。旱地土壤水分供應不足，阻礙養分在土壤溶液中向根表面遷移，影響作物對養您的吸收利用。應大量增施有機肥料，增加土壤團粒結構，改善土壤的通透性，增強土壤蓄水、保水。
二、 科學施用有機肥，要看肥料特性
有機肥料原料廣泛，不同原料加工的有機肥料養分差別很大，不同品種肥料在不同土壤中的反應也不同。因此，施肥時應根據肥料特性，採取相應的措施提高作物對肥料的利用率。
各類有機肥料中以餅肥的效能最好，不僅含有豐富的有機質，還含有豐富的養分，對改善作物品質作用明顯。由於其養分量較高，既可做底肥，也可做追肥，儘量採用穴施、溝施，每次用量要少。
秸稈類有機肥料的有機物含量高，這類有機肥料對增加土壤有機質含量，培肥地力作用明顯。秸稈在土壤中分解較慢秸稈類有機肥料適宜做底肥，肥料用量可加大。但氮、磷、鉀養分含量相對較低，微生物分解秸稈還需消耗氮素，要注意秸稈有機肥料與氮磷鉀化肥的配合。
畜禽糞便類有機肥料的有機質含量中等，氮、磷、鉀等養分含量豐富，由於其來源廣泛，使用量比較大。但由於其加工條件的不一樣，其成品肥的有機質和氮、磷、鉀養分差別，選購使用該類有機肥料時應注意其質量的判別。以純畜禽糞便工廠化快速腐熟加工的有機肥料，其養分含量高，應少施，集中使用，一般做底肥使用，也可做追肥。含有大量雜質，採取自然堆腐加工的有機肥料，有機質和養分含量均較低，應做底肥使用，量可以加大。另外，畜禽糞便類有機肥料一定要經過滅菌處理，否則容易給作物和人、畜傳染疾病。
綠肥是經人工種植的一種肥地作物，有機質和養分含量均較豐富。但種植、翻壓綠肥一定要注意茬口的安排，不要影響主要作物的生長。綠肥一般有固氮能力，應注意補充磷、鉀肥。
垃圾類有機肥料的有機質和養分含量受原料的影響，很不穩定，每一批肥料的有機質和養分含量都不一樣，一般含量不高，適宜做底肥使用。由於垃圾成分複雜，有時含有大量對人和作物極其有害的物質，如重金屬、放射性物質等，使用垃圾肥時對加工肥料的垃圾來源要弄清楚，含有有害物質的垃圾肥嚴禁施用到蔬菜和糧食作物上，可用於人工綠地和綠化樹木。
三、 科學施用有機肥
生物有機肥是指特定功能微生物與主要以動植物殘體(如畜禽糞便、農作物秸稈等) 為來源並經無害化處理、腐熟的有機物料複合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。
由於這類肥料產品研製和生產初衷是集有機肥料和生物肥料優點於一體, 既有利於增產增收, 又有利於培肥土壤、改善土壤微生態系統、減少無機肥料用量, 提高並改善農產品品質, 符合我國農業可持續發展和綠色食品生產的方向, 這幾年得到了快速的發展。
1、提高作物產量，改善作物品質
生物有機肥營養物質釋放緩慢。以氮素營養而言，多以NH4+或胺基酸形式供給植物，進入植物細胞後無需消耗大量能量和植物光合作用產物，如糖分和有機酸等，直接參與植物細胞物質的合成，故植物生長快，積累的糖分等物質多，自然農產品質量好，且很少有硝酸鹽等有害物質汙染。在巴戟天的種植中應用生物有機肥，巴戟天的有效成分甲基異茜草素-1-甲醚、醇溶性糖及多糖均有不同程度的增加。
2、提高土壤肥力，改善土壤理化性質
土壤有機質直接影響著土壤的保肥性、保水性、緩衝性和通氣狀況等。因此，土壤有機質含量是衡量土壤肥力的一項重要指標，是土壤肥力的物質基礎。
施用生物有機肥不僅能補充被消耗的植物養分，而且還能不斷提高土壤有機質含量。在菸草的種植中應用生物有機肥，使土壤的有機質含量得到了增加。在蘋果園中施用生物有機肥後，有機質含量較對照增加75.8%，土壤容重較對照降低12.50%，毛管孔隙度增加9.8%，可以明顯改善土壤結構，增加土壤孔隙度，提高土壤保水保肥和通氣能力。
有機質經微生物分解，縮合成新的腐殖質，它能與土壤中的粘土及鈣離子結合，形成有機無機複合體，促進土壤中水穩性團粒結構的形成，從而可以協調土壤中水、肥、氣、熱的矛盾，改善土壤結構，使土壤疏鬆，耕性變好。
3、增加土壤向作物提供營養的能力
一般情況下，生物有機肥料中新增有固氮微生物，該類微生物主要透過其中固氮酶的作用，將空氣中的N2還原為可被作物吸收利用的NH4+。微生物的固氮效率因土壤條件的不同而有較大差異。
生物有機肥中還添加了一定數量的溶磷微生物和矽酸鹽細菌，施入土壤後經增殖並與其它土壤微生物協同作用，可分解土壤中某些原次生礦物，並同時將這些礦物所固定的磷、鉀等養分釋放出來，把無效態磷、鉀轉化成可供作物吸收利用的有效態養分，直接被作物吸收利用，提高土壤供肥能力。
4、改善土壤微生態系統，提高土壤生物肥力的水平
一般腐熟的有機肥中含有酵母菌、乳酸菌、纖維素分解菌等有益微生物，而加有功能菌的生物有機肥還可能含有固氮菌、矽酸鹽細菌、溶磷微生物、光合細菌及假單胞菌等一些有益菌。這些微生物除了具有產生大量活性物質的能力外，有的還具有固氮、溶磷、解鉀的能力，有的具有抑制植物根際病原菌的能力，有的則具有改善土壤微生態環境的能力。
生物有機肥施入土壤後能夠調節土壤中微生物的區系組成，使土壤中的微生態系統結構發生了改變。在果園施用生物有機肥後，根區土壤細菌、真菌和放線菌數量顯著增加，其中細菌佔絕對優勢。這是因為當有新鮮有機物質進入土壤後，為微生物提供了新的能源，使微生物在種群數量上發生較大的改變。
在現有的耕作栽培管理體系下，如長期連作、過多地依賴化肥、不合理或過多使用農藥等，造成土壤微生物和土壤動物組成向惡劣方向發展，不僅有害微生物群體數量上升，而且降低了土壤生物肥力水平。
微生物是生物肥力的核心，是共同構成土壤肥力不可或缺的核心組分。人工接種微生物，即施用生物有機肥,是維持和提高土壤肥力的有效手段。
5、減少或降低植物病蟲害的發生
生物有機肥具有改善土壤生態環境及土壤微生物區系的作用，在減少作物病蟲害發生方面發揮著更為重要的作用。這是因為在生物有機肥中含有多種非病原微生物菌群，在微生物的生長繁殖過程中，具有競爭性抑制作用，並能分泌出多種抗生素、殺蟲物質及植物生長激素，不但能抑制植物病原微生物的活動，起到防治植物病害的作用，而且能刺激作物生長，使其根系發達，促進葉綠素、蛋白質和核酸的合成，提高作物的抗逆性。
