自身污染問題
（1）營養物污染。
高密度的養殖肯定需要大量的餌料。據對歐洲網箱養殖鮭魚的研究顯示，大約只有20%的餌料被有效地利用。
剩下的80%基本都以殘餌、殘骸、排泄物等污染物的形勢被排放在了其所處的水體環境中。
而且它們對水體中氮、磷含量的影響巨大，再者，它們的分解產物使大量的病毒、細菌等微生物在水中活躍起來。
水體的自凈能力由此大大降低，最終導致了水質惡化和水體的富營養化，進而影響了水產品的產量。
（2）藥物污染。
養殖人員的為了防治環境的破壞，而大量藥物的使用卻使現實與其初衷背道而馳。
這些藥物中的一部分將會直接散失到環境中去，抗生素的殘留將會大大減弱養殖水體的降解能力。
對水域生態系統造成一定的傷害，最終引起環境的短期退化。
（3）底泥（底質）富集污染。
研究顯示，開放的水體底質污染較輕，而不是開放式的水體底泥含C、N、P很多。
而老化池塘內，糞便、殘餌、動植物屍體、藥物於底質中富集現象更加厲害。
導致了底質中的微生物參與反硫化和反硝化反應，NH3、H2S由此產生並開始破壞水體生態系統。
此外，周圍水體也會吸收其釋放之N、P等元素而加速藻類的生長，富營養化程度更加令人擔憂。
針對性防治措施
（1）合理規劃。
實際調研所需水域情況、功能等，分析其對各營養元素如氮、磷等的實際負載的能力。
以此為依據來計算養殖容量，實現對水域的科學規劃。
並且在該條件下合理安排水產品種類密度、養殖的結構，從而使水體可持續利用。
（2）富營養化的治理。
一是重視殘餌回收工作，然後用吸收泥質、投放石料、撒生石灰等方式改變底質。
二是在養殖的空閒期間，清理掉多餘的淤泥，保持池底的乾燥，最大限度地消除殘餌長期以來淤積而引發的富營養化。
另外可以通過以魚養水，調控浮游生物的結構，降解氨氮。
（3）使用生態營養學飼料。
為提高蛋白質的利用率，可以在飼料的組成中加入易消化的碳水化合物。
為了減少飼料中氮的排泄應使飼料中的能量值與蛋白質的含量形成最佳的配比。
適當添加植酸酶能夠促進對磷元素的吸收。另外，合理的投餵標準也很重要，它可以減少廢棄物的產生。
（4）合理使用藥物。
在施用藥物的時候，必須考慮到其對養殖水體的影響。
因此要減少藥物的使用量並且儘可能地使用天然藥或是綠色水產藥品以保持養殖水域的生態平衡。
總結趨勢
水產養殖業不僅僅是一項漁業經濟開發，在提倡綠色經濟發展的今天，它與水資源的合理利用和保護緊密相連。
而要實現綠色經濟和可持續發展的道路，必須重視水產養殖自身污染所引起的環境問題，加強生態水產養殖基礎理論的研究。
創新新技術和生產模式，建立低耗、無污染的綠色水產養殖生態經濟體系。
同時，對於水產養殖者，更要加強對他們環境生態方面的教育，使其意識到綠色水產養殖的重要性。
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