近親繁殖最大的隱患在於生下的後代很容易患病，我們常聽說的唐氏綜合徵就是近親繁殖帶來的危害。以前知識水平匱乏的人並不明白這些遺傳學知識，只是隨著科學的發展，人們才慢慢意識到其危害。同理，如果動物之間近親繁殖，其後代的健康狀況也十分堪憂，大部分近期繁殖的子代都很容易患病，並伴隨有各種奇怪的生理缺陷，存活率很低。
那麼為什麼有些飼養動物人還會讓動物近期繁殖呢？這就要追溯到一些人對純種動物的偏愛上面，很多人認為只有純種狗才是最正宗、最高貴的血統，其實不然。這都是商家製造的一些概念和噱頭，純種狗的繁殖方式就是讓有親緣關係的狗狗進行交配，然後其子代基因也自然與親代基因相似度極高。以這種方式獲得的純種動物，最普遍的特點就是遺傳性疾病發生率奇高，這也難怪有人會說純種狗嬌貴了。
近親繁殖產生的後代還有可能出現腦部神經受損，腦部有控制機體運動和發聲的區域，純種動物的運動平衡能力經常會發生紊亂，發聲系統也無法正常工作，常常因為腦部神經引起的疼痛而出現「發瘋」的現象。雖然很多動物學家也在研究它的發病原因，即使通過做手術也只是緩解動物的痛苦，並不能完全解決這種疾病。這些可憐的純種狗，主人傾注了諸多心血，最後的下場只能是安樂死。
此外還有十分著名的鬥牛犬，也是被各種遺傳病寵幸的狗狗。動物本可以選擇根據自然法則進行交配，而一些不善良的人卻為了私利進行近親繁殖，徒增了許多疾病和問題。這種方式獲得的純種動物，不僅是主人的噩夢，也將會成為社會的噩夢。
